complexHeatmap画热图R语言分组 / 张生荣

R语言ComplexHeatmap绘制复杂热图heatmap

目录一载入R包数据 1.1 载入ComplexHeatmap包,数据 1.2 绘制最简单的热图二常见“表型”注释读入注释文件 2.1 添加注释,且设置颜色三添加“块”注释 3.1 k- ...

目录准备数据简单热图只对列进行聚类将相关系数显示在图上在图上加上显著性标记准备数据两组变量的数据可以像下面这样处理,分别保存在两个csv文件中. > # 导入数据及数据预处理 &g ...

上次分享了小提琴曲线(violin plot)的作图方法,今天小仙同学给大家介绍一下如何用R画出漂亮的密度图(density plot). Step1. 绘图数据的准备首先还是要把你想要绘图的数据调 ...

可使用aggregate函数如: aggregate(.~ID,data=这个数据框名字,mean) 如果是对数据框分组,组内有重复的项,对于重复项保留最后一行数据用: pcm_df$duplica ...

目录 TCGA数据源 TCGA数据库探索工具查看任意数据集的样本列表方式选定数据形式及样本列表后获取感兴趣基因的信息,下载mRNA数据选定样本列表获取临床信息综合性获取下载mRNA数据获取 ...

目录 Step 1. 绘图数据的准备 Step2. 绘图数据的读取 Step3.绘图所需package的调用 Step4. 饼图百分比标签准备 Step5.绘图今天要给大家介绍的Pie chart( ...

目录 Step 1. 绘图数据的准备 Step2. 绘图数据的读取 Step3.绘图所需package的调用 Step4. 饼图百分比标签准备 Step5.绘图今天要给大家介绍的Pie chart( ...

目录介绍 1.加载包 2.加载数据 3.绘图 4.个性化设置聚类方法 5.个性化添加矩阵 6.颜色设置介绍 R corrplot包提供了一个在相关矩阵上的可视化探索工具,该工具支持自动变量重新排 ...

目录线图单线图多线图横轴文本线图线图线图是反映趋势变化的一种方式,其输入数据一般也是一个矩阵. 单线图假设有这么一个矩阵,第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域,第二列为H3K27 ...

目录第一种实现方法:用aggregate计算数据第二种实现方法:用dplyr包计算数据笔者近期画了一张带error bar的分组条形图,将相关的代码分享一下. 感谢网友青山屋主的建议,提示笔者要 ...

目录前言效果展示小结参考附录:RVirusBroadcast代码前言前几天微博的一个热搜主题是**“计算机仿真程序告诉你为什么现在还没到出门的时候!!!”**,该视频用模拟的疫情数据告诉 ...

目录 1.读取数据 2.AUC和CI的计算 3.利用ggplot2绘图 4.合并多个ROC曲线结果 pROC是一个专门用来计算和绘制ROC曲线的R包,目前已被CRAN收录,因此安装也非常简单,同时该包 ...

主要介绍tapply函数: 每次只能求一列 aggregate函数:每次按组可以求多列 tapply(shuju[shuju[,3],shuju$year,mean) 以年份为组,求shuju表第三列 ...

我们以iris数据集为例,该数据集包括花萼的长度和宽度,花瓣的长度和宽度,以及物种,如下图: 本文我们要绘制不同物种下花萼的长度和宽度的分布情况,以及二者之间的相关性关系. 1. 首先载入ggplot ...

我就废话不多说了,大家还是直接看代码吧~ ts1<-ts(test_data$tot_num,frequency = 365,start=c(2017,11,21)) plot(ts1,col= ...

线形图是通过在多个点之间绘制线段来连接一系列点所形成的图形,这些点按其坐标(通常是x坐标)的值排序,并且它通常用于识别数据趋势. 在R中的通过使用plot()函数来创建线形图,语法如下: plot(v ...

R是用于统计分析.绘图的语言和操作环境. R是属于GNU系统的一个自由.免费.源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具. 它是一套由数据操作.计算和图形展示功能整合而成的套件. 包括 ...

deldir包绘制Voronoi图 #install.packages("deldir") library(deldir) # data set.seed(1) x <- r ...

目录 1. 单组情况 1)构造数据集 2)绘制置信区间 2. 多组情况方法1 1)构造数据集 2)绘制置信区间方法2 1)构造数据集 2)绘制置信区间 3)美化 1. 单组情况 1)构造数据集 x ...

目录 Step1. 绘图数据的准备 Step2. 绘图数据的读取 Step3. 绘图所需package的安装.调用 Step4. 绘图今天小仙给大家分享一下Slope chart(坡度图)的画法,我 ...